L'Isped est administré par un Conseil et dirigé par un Directeur ou une Directrice élu·e pour cinq ans, accompagné·e par des Directeurs-ajoints ou Directrices-adjointes et des Chargés·es de mission.
Président du Conseil d'Administration de l'Isped (élu pour un 1er mandat le 08 novembre 2022) : Dr Jean-Michel DELILE, Psychiatre, Président de la Fédération Addiction.
Le Conseil de l'Institut est composé de 38 membres :