Poste
Nature du poste :
Stage
6 mois
-
A pourvoir à compter du
3 January 2027
Descriptif du poste :
Les bactéries
du genre Acinetobacter, en particulier Acinetobacter baumannii, sont des
pathogènes opportunistes responsables d’infections nosocomiales sévères,
notamment chez les patients fragiles. Elles se caractérisent par une capacité
remarquable à persister dans l’environnement hospitalier et à développer des
résistances multiples aux antibiotiques, rendant leur traitement
particulièrement complexe.
Si leur dynamique
est bien documenté dans les infections acquises à l’hôpital, les dynamiques de
colonisation par Acinetobacter spp dans la communauté, et plus
particulièrement chez les nouveau-nés au cours de leur premier mois de vie,
restent largement méconnues. De plus, ce pathogène constitue une cause majeure,
et de plus en plus fréquente, d’infections néonatales bactériennes sévères.
L’étude de la dynamique de colonisation est essentielle pour identifier les
moments et conditions favorisant son acquisition, étape préalable indispensable
à la mise en place de mesures préventives.
Objectifs du stage:
L’objectif du stage sera d’analyser les dynamiques de colonisation
digestive par Acinetobacter au cours du premier mois de vie dans une
cohorte de mère-enfant à Madagascar. Ce travail comprendra :
1)
L’estimation de l’incidence de la 1ère acquisition d’Acinetobacter spp. chez les
nouveaux-nés ;
2)
L’identification des facteurs de risque associés ;
3)
L’identification des principales caractéristiques moléculaires des
génomes complets d’Acinetobacter spp.
Matériel et
méthodes
Ce stage
s’inscrit dans le cadre des cohortes BIRDY (Bacterial Infections and antibiotic Resistant Diseases among
Young children in low-income countries) et NeoLIC (Neonatal
acquisition of extended spectrum beta-lactamase-producing Enterobacteriaceae in
the community of a low-income country), deux études de cohorte mère-enfant
communautaire menées à Madagascar. L’étude BIRDY avait pour objectif principal de déterminer l’incidence des infections
néonatales résistantes aux antibiotiques, tandis que l’étude NeoLIC avait pour
objectif principal de déterminer l’incidence et les facteurs de risque
d’acquisition d’entérobactéries productrices de béta-lactamase à spectre étendu
(E-BLSE).
Au total, environ 400 mères et leurs nouveau-nés ont été
recrutés à l’accouchement, au cours duquel un prélèvement de selles de la mère
et du méconium ont été collectés pour rechercher des E-BLSE (étalement sur
milieu de culture sélectif), puis l’enfant a été suivi de manière répétée
jusqu’à l’âge d’un mois. A chaque visite, des prélèvements de selles du bébé
ont été réalisés permettant d’obtenir le statut de colonisation par E-BLSE. De
nombreux prélèvements étaient également positifs à Acinetobacter spp, dont
les souches bactériennes (une centaine) ont
été isolées et séquencées (séquençage génomique complet) ; le présent
projet se focalisera sur ce pathogène rarement étudié dans ce contexte. Aussi,
des données socio-démographiques, de mode de vie ont été recueillies et des
facteurs potentiellement associés à l’acquisition de bactéries à transmission
oro-fécale ont été collectés.
L’étudiant en
master analysera les données de colonisation du nouveau-né à Acinetobacter
spp. L’étude est actuellement terminée
(recueil des données entre 2019 et 2022), les données sont disponibles pour le
début du stage. Les méthodes d’analyse statistiques employées seront l’analyse
de survie et notamment les modèles de Cox. L’étudiant réalisera également une analyse
des données génomiques fournies par le séquençage complet : identification
taxonomique in silico, sequence type (ST), présence de gènes de
résistance aux antibiotiques.
Profil recherché
•
Master en épidémiologie, santé publique,
•
Connaissance du contexte
des pays à bas revenu
serait un plus
•
Aptitude de programmation avec le logiciel R ou STATA
•
Motivation pour la prise en main de
l’épidémiologie moléculaire
20260924_12489_Offre de stage M2 épidémio_acineto_v3.pdf
Profil recherché :
M2 / Bac+5